W programie m.in. zintegrowano przeglądarkę danych 2D i 3D. Dzięki temu zmiany wprowadzane w tym pierwszym trybie (np. powiększanie/pomniejszanie widoku czy dodawanie nowych warstw) są od razu widoczne także w trzech wymiarach. Global Mapper 16 umożliwia także generowanie filmów z wirtualnych przelotów nad modelami 3D w jakości HD z zastosowaniem różnych predefiniowanych wizualizacji nieba. Nowościami w przeglądarce 3D są także: obsługa nowych formatów danych 3D i tekstur czy wyświetlanie na żywo danych z odbiorników GPS.
W nowej wersji programu producent zachwala także znaczny wzrost prędkości przetwarzania danych. Dzięki temu czynności, takie jak generowanie warstwic, reprojekcja warstw czy wykonywanie analiz widoczności, powinny zajmować znacznie mniej czasu. Global Mapper 16 oferuje ponadto nowe narzędzia do generowania kartodiagramów oraz histogramów.
Zmiany zaszły także w dodatkowo płatnym module do edycji danych ze skanowania laserowego (LiDAR Module). Aplikację rozbudowano o narzędzia do automatycznej reklasyfikacji oraz wyodrębniania z chmury drzew oraz budynków.
